Cụ thể, trong giai đoạn 2 sẽ hạ giải, di dời các thành phần, công trình không phù hợp, như Bảo tàng Đà Nẵng hiện trạng (chuyển về địa điểm mới ở khu 42 Bạch Đằng) và khối nhà 1 tầng phía tả, trên nguyên tắc giữ gìn tối đa các thành phần nội thất trưng bày, các trang thiết bị, các vật liệu còn tốt để tái sử dụng sau này; tiến hành khảo cổ học khoảng 50% diện tích trong thành nội, làm cơ sở khoa học trong việc phục dựng, tái tạo; tiến hành xây dựng nhà trưng bày ngầm dưới lòng đất, với tổng diện tích xây dựng 453,8m2. Đồng thời sẽ xây dựng nhà nghỉ chân ở vị trí hướng Bắc chếch Đông trong tổng thể khu di tích, làm một điểm dừng chân, nghỉ ngơi cho du khách khi đến tham quan di tích. Dự án này nhằm bảo tồn tối đa các thành phần, dấu vết cấu thành di tích gốc, đồng thời, tạo nên một không gian lịch sử, không gian trưng bày, kết nối với Bảo tàng Đà Nẵng (mới) và các địa điểm di tích khác, phục vụ nhu cầu sinh hoạt văn hóa của nhân dân, thu hút khách tham quan, du lịch./.