Thông tư 15 của Bộ Y tế ra đời nhằm lựa chọn thuốc trúng thầu có chất lượng tốt, để cung ứng cho các cơ sở y tế công. Tuy nhiên, các chuyên gia đã chỉ ra nhiều nội dung bất cập. Đó là về phân chia gói thầu dược liệu. Theo đó, nhóm 1 bao gồm các dược liệu nuôi trồng, thu hái hoặc khai thác từ thiên nhiên được Bộ Y tế đánh giá đạt tiêu chuẩn GACP, trong khi Bộ chưa ban hành danh mục dược liệu đạt GACP đủ yêu cầu để sử dụng trong nước. Ngoài ra, quy định các bán thành phẩm dược liệu sản xuất tại Việt Nam trên dây chuyền đạt chuẩn GMP cũng được đấu thầu để sử dụng làm thuốc từ dược liệu. Theo các chuyên gia, các bán thành phẩm này không phải là vị thuốc cổ truyền mà đưa vào gói thầu sẽ làm mất bản chất của thuốc cổ truyền, vì chưa có tiêu chuẩn quốc gia do Bộ Y tế ban hành.