Theo thống kê, 84/95 bộ, ngành, địa phương đã tích hợp chữ ký số chuyên dùng Chính phủ. Tuy nhiên, hiện nhiều đơn vị còn gặp nhiều khó khăn trong triển khai tích hợp chữ ký số chuyên dùng trên hệ thống quản lý văn bản và điều hành để gửi, nhận văn bản điện tử. Nguyên nhân được chỉ ra là do thời gian cấp đổi chữ ký số chuyên dùng chậm, dẫn tới nhiều vấn đề phát sinh khi cán bộ thay đổi vị trí việc làm, thay đổi chức vụ, gây khó khăn cho các bộ, ngành, địa phương khi triển khai ký số trên văn bản điện tử.